咖啡除了栽種採收費工外，堅持高品質的加工方式，亦非常繁瑣。
一、水選
新鮮的咖啡果實採收後，必須在外果皮發酵前立刻處理，將咖啡果實放入大型水盆中約 4~5 分滿後，注入清水，以手攪動後靜置數秒，即可見到浮於水表面的果實，是為不良或發育不完全之果實，必須淘汰以此動作連續數次，直到盆內完全無浮起之果實， 這是利用比重原理淘汰不良之咖啡果實，亦即所謂“水選”咖啡果實。
　
二、去皮
將水選後優良的咖啡果實，置入咖啡去皮機中，將紅色的外果皮去除，使外皮與帶殼的咖啡豆分離。
三、發酵
去皮後的咖啡豆在內果皮外附著許多黏汁，因此將其浸置於水中約36小時，使黏汁在浸泡的過程中被天然的酵素破壞殆盡。然後以清水搓洗數次至內必皮沒有滑溜 的感覺，整個過程都會加以監視與控制，以確保發酵過程，只會去除黏汁而不會帶走味道。
四、脫水
將洗淨之咖啡豆置入脫水機中，約 2~3 分鐘，直到咖啡豆內果皮外的附著水分盡量最少時取出日照。

五、日曬乾燥式低 溫烘乾機乾燥
將脫水完的咖啡豆在太陽
下曬乾，通常以人工方式
將咖啡豆平鋪於水泥地上
，用犁粑翻動曝曬，視陽
光強弱不同，約為 3~7 天
，甚至更長，直到其含水
量只剩約11~12%，通常以天然日照的方式比機械乾
燥方法更好，天然日照更
能保持咖啡豆的風味，因
此，若天氣條件允許，則
盡量以此天然方法乾燥，

但相對的人工成 本較高、亦費時。乾燥的過程非常的重要，因為過度的乾燥會使咖啡豆易碎而失去品質，乾燥不足又容易產生意外的發酵、黴菌與細菌，或再接下來的脫殼過程中受 損。

六、脫殼
日照乾燥完成後，在烘培前將帶有內果皮硬殼的咖啡豆放入脫殼機中脫殼，直至內果皮、銀皮與咖啡豆完全分離乾淨後始能烘培。
　

七、烘培

烘培是咖啡豆處理過程中最重要及最艱辛的工作，因為無知與粗心可能摧毀耗費人力時間金錢所造就的咖啡豆
。因此，烘培咖啡豆是一門藝術，也是一門技術，成功的烘培師可能要經過幾年嘗試練習，從嘗試錯誤、耗損咖啡豆中學習。咖啡在烘培的過程中
，咖啡豆的外型體積變大，比生豆時大上於三分之一，因碳水化合物受熱分解後產生二氧化碳，咖啡豆細胞增大。而咖啡烘培的程度大概可分輕度
、中度、深度烘培，而咖啡豆烘培程度得依咖啡豆本身的特性而有所不同，唯有適合的烘培才能釋放出咖啡的香氣與味道。

八、儲藏
不管咖啡如何細心的栽種、處理、烘培、研磨及烹煮，最終的品質端賴一個全面性的因素─新鮮度。由於咖啡包裝的實際困難，所以現在所用的單向閥門鎖袋，充氣 包裝、真空鋁罐等都是要將氣體排出，而保存內在的新鮮度。沒有咖啡是 100% 的新鮮，試著在幾分鐘內烘培、研磨
與烹煮咖啡是不好的，因為除非咖啡完全排氣後才有好口味。
然而，事實上，烘培後的咖啡豆比研磨的咖啡粉能保持更久的新鮮度，因為暴露於空氣中的細胞表面較少。